비밀 ~THE TOP SECRET~

과학경찰연구소 제9연구실의 실장 마키 츠요시는 경이로운 기억력과 날카로운 통찰력을 지닌 인물이다. 그는 친구 스즈키 카츠히로와 함께 흉악범들의 흔적을 쫓으며 수사에 뛰어든다.

마키 츠요시가 존경하던 뇌과학자 카이누마가 스스로 목숨을 끊는 충격적인 사건이 발생한다. 카이누마는 유언을 통해 자신의 뇌를 MRI로 조사해달라는 기묘한 요청을 남긴다.

신입 수사관이 '제9'에 배속되는데, 그 얼굴을 본 마키 츠요시는 큰 충격에 빠져 말을 잃는다. 새로 온 수사관의 모습에서 잊을 수 없는 누군가의 흔적을 발견했기 때문이다.

지하철 노선에서 발생한 사건이 연쇄 살인으로 번질 가능성이 제기된다. 수사에 나선 마키가 추리를 이어가지만, 그 과정에서 새로운 희생자가 발생하며 상황은 급박하게 돌아간다.

만원 지하철 안의 자상 사건과 연쇄 살인, 바이오 테러 의심 사건이 동시에 발생한다. 유키코는 바이러스에 감염된 위급한 상황 속에서도 진실을 밝히기 위해 부검을 맡기로 결심한다.

법의학 연구실로 온 시랍 사체를 본 유키코는 제9 연구실에 수사를 건의하지만 마키가 거부한다. 한편, 유키코는 친구의 결혼식에 초대받는데, 마키의 발언에 친구가 크게 동요한다.