X-Men

Jubilee blir angrepet av roboter som kalles Sentinels på et lokalt kjøpesenter, men hun blir reddet av Storm og Rogue, og bragt i sikkerhet i X-Mansion. X-Men oppdager at gruppen som styrer Mutant-registreringsprogrammet har som intensjon å følge og eliminere mutanter. Senere finner X-Men Sentinal-basen, og infiltrerer basen for å ødelegge mutant-filene. Episoden ender med en cliffhanger, når Storm åpner døren til et rom hvor mange væpnede soldater gjemmer seg, i påvente av et angrep mot X-Men.

Wolverine lukter soldatenes pistololje og lukker raskt døren, før soldatene fyrer av. Storm feier bort vaktene med vindkraften sin. Etter å ha ødelagt mutant-filene, rømmer X-Men til Blackbird, men blir stoppet av Sentinelene. Under slaget mot Sentinelene blir Morph skutt og antatt død. Mens Beast blir angrepet mot gjerdet, og blir elektrosjokket og fanget, trekker resten seg tilbake til Blackbird, etter Cyclops kommando. Jubilee bestemmer at det er best å bli ved X-Mansion.

Etter Beasts rettssak, forlanger Sabretooth at Beast blir satt fri, noe som gjør at vaktene skyter og skader Sabretooth. Cyclops hjelper Sabretooth og bringer han til sykestuen ved X-Mansion. Senere angriper Magneto et militært missilanlegg. Når X-Men ankommer, forbereder Magneto å slippe atom-missiler for å sikre krig mellom mutanter og mennesker. Cyclops, Storm og Wolverine kjemper mot Magneto, men klarer ikke å stoppe ham. Senere bruker Storm vind og lyn til å kortslutte missilene, deaktivere dem og slippe dem i vannet. X-Men har forhindret en atomkrig, og drar hjem til X-Mansion med kunnskap om Magnetos styrke.

Magneto ødelegger en kjemisk plantasje for å tiltrekke seg professor X. Cyclops, Rogue, Storm og professor X drar til den kjemiske plantasjen, mens Jubilee blir igjen for å beskytte Sabretooth. Professor X går inn på den kjemiske plantasjen for å konfrontere Magneto. Idet Magneto ser ut til å slå professor X, tvinger professor X' telepati Magneto til å huske sine yngre dager. Magneto trekker seg tilbake i panikk. Tilbake ved X-Mansion, knurrer Sabretooth i avsky mot sentatoren på TV, og Jubilee oppdager et problem med håndleddsbindingen hans. Jubilee løsner på bindingen og Sabretooth fanger Jubilee, men Wolverine hopper ut fra skyggene og angriper ham. Kampen deres blir avbrutt når professor-X og de andre kommer tilbake.

En gruppe mutanter, som kalles Morlocks, fanger Jean og Cyclops når de går ut. Morlocks-lederen, Callisto, kidnappet Cyclops for å styre Morlocks sammen md henne. Jean bruker sine telepatiske evner og forteller professoren at de har blitt fanget. Wolverine, Gambit, Rogue og Storm drar for å finne dem. Når X-Men finner Jean og Cyclops, utfordrer Storm Callisto for lederskapet over Morlocks for å redde Cyclops og Jean. Callisto har ikke noe annet valg enn å akseptere utfordringen. Etter en lett kamp, beseirer Storm Callisto og blir den nye lederen for Morlocks, men når hun har reddet Jean og Cyclops, gjør hun Callisto til leder ved hennes fravær.

Wolverine flykter til Canada for å søke stillhet i den canadiske villmarken. Han finner ro blant en gruppe med Baffin-Island-inuitter, men oppdager at Sabertooth har forfulgt ham og har tatt landsbyboerne til fange, og planlegger å drepe dem alle. Wolverine klarer å beseire Sabertooth og redde landsbyboerne. Tilbake ved X-Mansion, forteller Gambit til X-Men at han har hørt at Genosha-folket ønsker mutanter velkommen og at han vil at teamet skal feriere der. Professor Xavier senter Storm, Gambit og Jubilee til Genosha som turister. Mens de er i Genosha blir Storm, Gambit og Jubilee angrepet og fanget av en Sentinel.