Angus Scrimm

Sydney Bristow er student om dagen og internasjonal spion om kvelden. Livet hennes ser ut til å være fullt av håp da kjæresten hennes, dr. Daniel Hecht, frir til henne. Men Sydneys lykke over forlovelsen blir kortvarig fordi hennes hemmelige liv har enorme konsekvenser for forholdet. Samtidig begynner hun å finne ut sannheten om de lyssky folkene hun har jobbet for. Et liv med enda større farer og intriger.

Sydney og Anna lærer seg en binær kode skrevet av Milo Rambaldi utenat. Sydney og Dixon sendes på et oppdrag for å etterforske et terroristkomplott om å eliminere United Commerce Organization. Francie mistenker at kjæresten er utro, mens Will fortsetter å avsløre mysteriet bak drapet på Sydneys forlovede.

Vaughn bekrefter at K-Directorate har hyret en kjent snikmorder, kjent som "The Snowman" fordi han liker å bruke en ishakke som våpen, for å eliminere Khasinau. Imens begynner lidenskapen å blomstre mellom Sydney og Noah (Peter Berg, "Chicago Hope"). Og nye avsløringer om Sydneys mor viser seg å være opprørende for Jack.

For å bevise at hun ikke er kvinnen som er avbildet i Rambaldi-profetien – den som vil ødelegge verden – bestiger Sydney Monte Subasio. For ifølge Rambaldis profeti lykkes aldri Sydneys klatretur. Da hun kommer tilbake, blir Sydney sjokkert av å møte sin tidligere elsker Noah – en SD-6-agent hun datet for fem år siden – mens hun er på oppdrag for å spore aktiviteten til "The Man".

Den mystiske mannen (Joel Grey) som har imitert Sloane, dukker opp igjen, og denne gangen er han på sporet av Rambaldi. Imens kommer sjokkerende avsløringer om den ekte Sloane frem i lyset, noe som får alle til å tvile enda mer på hans sanne hensikter. Amy Irving ("Traffic") gjestespiller som Emily Sloane.

Sydney og Jack blir konfrontert av den nye direktøren for SD-6 (Rutger Hauer) som erstatter den savnede Sloane, hvis tilholdssted – og intensjoner – er ukjente. Imens begynner romantikken å blomstre mellom Francie og Will.