ATRI -My Dear Moments-

알 수 없는 이유로 해수면이 상승해 사라져 가는 작은 마을에 다리를 잃은 소년 나츠키가 와 해양학자인 할머니가 남긴 배에서 살아간다.

아트리는 다리를 잃고 꿈을 포기한 나츠키를 위해 다리가 되어주겠다고 말하고 아트리를 의지하게 된 나츠키는 아트리를 파는 것을 보류한다.

대부분이 물에 잠긴 학교 건물에 들어선 아트리와 나츠키가 마을에 남은 사람들에 관련된 슬픈 이야기를 듣게 된다.

나츠키는 친구들과 함께 발전기 제작에 필요한 수지를 찾기 위해 바다 아래에 가라앉은 노지마 정밀 공장을 찾는다. 맨몸으로 잠수가 가능한 아트리의 도움으로 수지를 얻었을 뿐만 아니라 맛있는 게까지 잔뜩 잡게 된다. 추가로 풀빵 기계를 건져올린 덕분에 오랜만에 푸짐한 식사를 하게 된 아이들은 행복한 시간을 보낸다.

배터리를 얻으려면 아트리를 팔면 되지만, 더는 아트리를 단순 휴머노이드로 여기는 것이 불가능해진 나츠키가 고민하던 중 바다에 떠다니는 캐서린을 발견한다.

학교 선생님과 인양업을 시작하면서 나츠키의 생활이 크게 변하며 표정이 점점 다양해지자, 류지 일행은 이와 관련해서 뒤를 캐보기로 한다.