ジョン・フィン

遺体安置所で爆発がおき、ある殺人事件の物的証拠が破壊され、手がかりが失われる。かつてワトソンと対立したコルテス刑事は、ワトソンに捜査への協力を要請する。

米国は核開発停止を求めてイランとの交渉に臨むが、大統領は軍事行動も辞さない構えを見せる。石油パイプライン建設を巡りエリザベスはカナダからプレッシャーを受ける。

モルダーが自殺したという嘘をスカリーがついたことで時間を稼ぎ、モルダーは洞窟の中のものとよく似た死体を発見する。氷床のサンプルから発見された生命体とスカリーのDNAを結びつけることで、スカリーの治療法の可能性を見出す。

モルダーは、カナダの山中で発見された凍結物が宇宙人の存在を示すものであることを証明しようとする。だが、真実を探求することで、さらなる嘘や信じられない結末に導かれていく。

スカリーはアフリカの海岸で発見された宇宙船に書かれている記号の解読を試み、脳障害を起こしたモルダーは精神病院に収容される。

モルダーは夢の中で彷徨っていたが、スカリーはモルダーを探し続ける。