ジョン・ハナー

ホームズに以前薬物を売っていた元売人の娘が誘拐され、ホームズに助けを求めてくる。ワトソンはその“友人”が、ホームズが再び薬物に手を出す引き金になるのではないかと恐れる。ところがその古い友人は、ホームズは薬物の影響下にある方がより明敏なのではないかと考える。

重傷を負ったデイジーは不動産業者を装ってシモンズを呼び出し、手当てを受ける。再び姿を消そうとするデイジーを非難したシモンズは、彼女と行動をともにすることに。そして、インヒューマンズの個人情報がハッキングされていることが判明する。一方ロビーは、かつてモーメンタム研究所にいたイーライに「ダークホールド」について聞きに行く。ルーシーは魔術書をもとに人間の域を超えた装置を作ろうとしていた…。

ゼファー･ワンの性能を知り尽くしたハイヴが監禁状態のデイジーを乗せ、高度10万フィートの空へ向け飛び立った。成層圏から新型の菌を積んだ弾頭を発射すれば、彼に従順なインヒューマンズが増殖し、世界征服が可能になるからだ。一方、シールドの基地ではコールソンが腕に埋め込まれたリモコンでクインジェットを呼び寄せ、反撃に出る準備を進めていた。彼は単身でクインジェットに乗り込み、ゼファー･ワンへ向かおうとするが…。

ハイヴに操られたデイジーはシールドの基地を破壊した。コールソンは彼女にかけられた洗脳を解き、ハイヴのインヒューマンズによる軍隊結成計画を阻止すると宣言。そして、彼に挑むためゼファー･ワンを稼働する。一方、フィッツとシモンズは、ハイヴが宿主の脳にある快楽物質を分泌させ、寄生したインヒューマンズに無敵感を与えることを突き止めると、ルーマニアに向かい、GT農薬の寄生生物研究者ラドクリフ博士に助けを求める。

ハイヴは人間をインヒューマンズに変える実験に打ち込んでいた。彼に腕を見込まれたラドクリフ博士は、人間のDNAに手を加えれば、インヒューマンズへ変化させられるという“ある驚異的なアイデア”を思いつく。しかし実験は大失敗に終わり、彼に責められた博士は、使用したハイヴの血に原因があり、生きたクリー人のDNAが必要だったと言い訳をする。すると、ハイヴは“ある装置”を使って、クリー人を地球に呼び寄せてしまう。

フィッツの分析通り、ハイヴはATCUから盗んだ弾頭を使って新型の菌を拡散しようとしていた。その菌に感染した人間は意志を持たず、彼の思いのままに動くインヒューマンズへ変化してしまうことが判明。そして、弾頭を止めるためにはハッキング不可能な政府のミサイル停止コードが必要と知ったシールドは、太平洋にあるミサイル基地が占拠されると、フィッツが作り出したモーションキャプチャーで、アンダース准将に成りすまし…。