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McGarrett s'évade de la prison après son inculpation pour le meurtre du gouverneur. Les membres de son ancienne équipe du 5-0 le rejoignent pour retrouver le vrai meurtrier.

McGarrett et son équipe traquent une femme soupçonnée d'avoir tué le capitaine Fryer et posé une bombe dans le bâtiment de la police. Ils ont pour cela besoin de l'aide de Frank Delano, flic ripoux emprisonné. Par ailleurs, Joe White est de retour et promet de révéler l'identité de Shelburn à McGarrett.

Jerry accueille sa sœur Isabel, étudiante en droit et activiste pour la cause animale, au moment même où un éléphant a été libéré d'un cirque sur l'île. Par ailleurs, le 5-0 enquête sur le vol d'une combinaison indestructible développée pour l'armée et dont le prototype a coûté 80 millions de dollars.

Un convoi de prisonniers est attaqué à l'explosif et le 5-0 se met en chasse de six fugitifs extrêmement dangereux. Parmi eux, Adam, qui était la véritable cible de l'attaque, sème des indices pour permettre au 5-0 de les pister.

Chin Ho est enlevé à son domicile. À son réveil, il est emprisonné dans l'établissement pénitentiaire de l'île, cerné par un gardien corrompu et un ancien ennemi. Alors que le « 5-0 » découvre que sa disparition est liée à la mort de Frank Delano, Chin Ho déclenche une émeute pour sauver sa peau.