Tom Noonan

Nora Durst si sente smarrita durante una conferenza sulla Partenza a New York.

Sogni apparentemente profetici spingono Mulder a ricercare le vittime sconosciute di un serial killer, solo per scoprire che una di loro potrebbe essere la sorella scomparsa, Samantha.

La pista di una misteriosa organizzazione chiamata "Esercito delle 12 Scimmie" porta Cole in un ospedale psichiatrico del 2015, dove una paziente sa dove è custodito il virus che distruggerà il mondo. Intanto, pur essendo stata avvertita che il suo coinvolgimento potrebbe cambiare il corso della Storia, la dott.ssa Railly rischia la vita per aiutarlo.

La ricerca dell'ubicazione del virus porta Cole nel 2014, dove una pericolosa epidemia ad Haiti segna un momento devastante nella vita della dott.ssa Railly.

Cole e la dott.ssa Railly affrontano l'Esercito delle Dodici Scimmie nella Stanza della Notte, un laboratorio segreto distaccato che ospita il virus destinato a distruggere il mondo.

Dopo che i tragici eventi della Stanza della Notte creano una realtà alternativa nel 2043, Cole rischia il suo futuro per salvare la dott.ssa Railly.