Michael Bryan French

Un pilota collaudatore che potrebbe aver pilotato un aereo realizzato con tecnologia aliena scompare. Mulder e Scully devono sfidare il proprio governo per trovare la verità.

Booth si sveglia dal coma, nel quale ha vissuto una vita parallela in cui amava Brennan. Al risveglio non riesce a capire fino a che punto i suoi sentimenti siano reali.

Michael, Lincoln e Sucre devono infiltrarsi a un evento benefico della polizia per ottenere la prossima carta magnetica. Sarah, ancora scossa da un'altra morte, ricade in una vecchia dipendenza. T-Bag desta sospetti e si imbatte in alcuni vecchi amici durante il suo primo giorno di lavoro.

Michael corre contro il tempo e la sua salute precaria per irrompere nel quartier generale della Compagnia per rubare Scilla, ma il successo dell'irruzione spetta a Sucre. Gretchen si traveste a festa per un incontro con il Generale e un ultimo tentativo di ottenere l'ultima chiave della carta. T-Bag deve prendere la decisione di abbandonare definitivamente le sue abitudini criminali.

Le condizioni mediche di Michael costringono Sara a portarlo in ospedale e Sucre e Lincoln si ritrovano in una situazione esplosiva. Mahone ha dei progetti sull'architetto della Compagnia mentre Agent Self incontra un sorprendente alleato.

Finch si insospettisce quando il numero di un dotato sondaggista politico esce proprio nello stesso momento in cui le sue previsioni, solitamente a prova di bomba, si rivelano errate.